Die besondere Bedeutung der Schaalsee-Landschaft für den überregionalen Naturschutz wurde früh erkannt. So konnten zum Beispiel in den 1970er Jahren hier die letzten Kranichpaare im damaligen Westdeutschland brüten und es erfolgten durch die Umweltstiftung WWF Deutschland im Rahmen des Artenhilfsprogrammes Kranich des Landes Schleswig-Holstein erste Maßnahmen zum Feuchtgebietsschutz. Andererseits führte die Grenzsituation auch zu erheblichen Belastungen für die Natur: Grenzanlagen, vegetationsfreie „Todesstreifen“ und ständige Patrouillen durch Hubschrauber und Schnellboote führten zu erheblichen Störungen.

Das Land Schleswig-Holstein und der WWF begründeten bereits 1985 das „Landesprogramm zum Schutz der Natur und zur Verbesserung der Struktur an der schleswig-holsteinisch-mecklenburgischen Landesgrenze“. Es erfolgten erste Flächenankäufe durch den WWF und Naturschutzgebietsausweisungen durch das Land Schleswig-Holstein. Mit der Grenzöffnung und der Wiedervereinigung Deutschlands war dann die Chance gegeben, die Schaalsee-Landschaft länderübergreifend zu schützen und zu entwickeln.

Die Umsetzung von Naturschutzprojekten ist in Deutschland Aufgabe der Bundesländer. Das länderübergreifende Naturschutzgroßprojekt wurde unmittelbar nach der Wiedervereinigung 1991 auf Empfehlung des damaligen Bundesumweltministeriums beantragt und 1992 bewilligt. Es ist somit ein Naturschutzgroßprojekt der deutschen Einheit und beinhaltet eines der bedeutendsten Teilstücke des von Nord nach Süd durch Deutschland verlaufenden „Grünen Bandes“ der ehemaligen innerdeutschen Grenze.